Drugo područje u koje je uredba PSD2 donijela velike promjene su plaćanja. Prije bi, kad biste nešto kupili preko neke internetske stranice, ta tvrtka kontaktirala tvrtku administratora plaćanja, koja bi onda stupila u kontakt s kartičarskim kućama kako bi se novac za tu transakciju uzeo s vašeg tekućeg računa. U novom sustavu to se odvija tako da se novac uzima izravno s vašeg računa, bez puno gnjavaže s upisivanjem broja računa ili broja kartice i korisničkih imena i lozinki. To je brže i jeftinije, jer se tako zaobilaze mnogi posrednici, od kojih svaki zaračunava svoju proviziju. Banka potvrđuje transakciju bez upletanja tih drugih organizacija.